Episode 1 - Chasse à l’homme
Michael et les autres évadés commencent leur poursuite de la liberté alors qu’un nouvel agent du FBI lance une traque pour les capturer.
8 heures après leur évasion de Fox River, Michael, Lincoln, Sucre, Abruzzi et C-Note courent pour rester en vie pendant que Bellick dirige les gardiens de prison afin de les capturer. Le Dr. Sara Tancredi est en très mauvaise posture due à son overdose. Veronica se retrouve prisonnière chez Terrence Steadman. T-Bag essaye d’avoir le dessus en fuyant les autorités et le nouvel agent du FBI, Alexander Mahone, est plus déterminé que jamais à retrouver le gang d’évadés…
Episode 2 - Otis
Abruzzi, Sucre et C-Note s’en vont de leurs côtés alors que Michael et Lincoln prévoient un nouveau plan d’évasion. Mais ce plan d’évasion ne les concerne pas: cette fois-ci, ils devront secourir LJ en route pour aller en prison. Bellick et Pope doivent se confronter à un jury afin de s’expliquer sur l’évasion. Quant à Tweener, il fait la rencontre d’une étudiante avec qui il va faire un peu de route jusqu’en Utah. Enfin, T-Bag fait tout ce qu’il peut pour retrouver l’usage de sa main…
Episode 3 - ScanMichael et Lincoln ont des problèmes alors que l’agent Mahone est à leurs trousses… Sucre est en route pour retrouver Maricru, et C-Note est déterminé à revoir et réunir sa famille malgré leur mise sous surveillance. Une personne connue garde un oeil sur Sara et Bellick s’allie avec une de ses connaissances afin de retrouver les fuyards de Fox River…
Episode 4 - First Down
Bellick se met en ménage avec Michael, Lincoln et Nika dans l’espoir de trouver les 5 millions de dollars de Westmoreland. Une famille apprend les dangers de l’autostop lorsqu’elle décide d’emmener T-Bag, alors qu’ Abruzzi rejoint sa famille et veut se venger de Fibonnaci. L’agent Kellerman est de retour et tente quelque chose avec Sarah qui reçoit le coup de téléphone qu’elle avait tant attendu. Et enfin, l’agent Mahone localise formellement l’un des fuyards de Fox River…
Episode 5 - Map 1213Mahone s’intéresse soudainement à l’histoire de DB Cooper. Michael et Lincoln sont prêts à tout pour retrouver l’argent de Charles Westmoreland dans un silo en Utah, tandis que T-Bag espère que sa mémoire ne lui fasse pas défaut le moment venu… De son côté, C-Note connaît un voyage mouvementé dans un train. Sucre se rend à Las Vegas afin d’arrêter le mariage de Maricruz et l’agent Kellerman arrive chez Sara
Episode 6 - Subdivision
Michael et Lincoln vont chercher l’argent caché de Charles Westmoreland tandis que T-Bag se montre très hospitalier … Haywire fait son retour et Sucre retrouve un visage familier sur sa route … L’agent Mahone quant à lui se montre très intéressé par la légende de DB Cooper qui va le rapprocher des évadés…
Episode 7 - Buried
Lincoln veut à tout prix retrouver LJ, Michael , C-Note, Sucre et T-Bag recherchent désésperement le trésor caché de Westmoreland. Kellerman quant à lui semble être un peu plus humain lorsque La Compagnie veut s’en prendre à Sara et Mahone force Tweener à prendre une décision difficile…
Episode 8 - Dead FallL’agent Mahone a un nouvel adversaire dans la quête des évadés en la personne de Richard Sullins, un agent des affaires internes, ce qui ne ravit pas du tout l’agent du FBI. Sullins pose en effet de nombreuses questions à propos de ce qu’il s’est passé avec un des évadés. De son côté, Sucre s’enfuit avec le butin de 5 millions de dollars . Lincoln quant à lui veut à tout prix rejoindre LJ, alors que Sara doit sauver sa vie de la conspiration…
Episode 9 - UnearthedMichael tente de trouver des secrets sur le passé de Mahone grâce à sa femme. Lincoln et LJ ont un voyage difficile, alors que la femme de C-Note doit choisir entre sa fille ou son mari. Pendant ce temps, T-Bag reçoit une surprise inattendue lors de sa recherche d’un ancien amour…
Episode 10 - Rendez-vous
La réunion entre Sara et Michael est tout sauf romantique du fait que Kellerman et l’agent Mahone sont prêts à tout pour les séparer. Lincoln reçoit l’aide de son père , parent que ne connaît pas bien LJ. Sucre prépare son escapade avec Maricruz, tandis que T-Bag rencontre un visage familier alors qu’il détient la clé de sa liberté !
Episode 11 - Bolshoi Booze
Lincoln doit dire au revoir à une autre personne qui lui est chère alors qu’il essaye de retrouver Michael, dont le plan pour s’emparer d’un avion est un véritable échec. Mahone déchiffre une pièce de puzzle cruciale, et T-Bag prend sa revanche sur ses agresseurs… Sara et Kellerman ont un face à face tendu…